Қызанақ қоңыр жеміс-жидек вирусы бүкіл әлемде қызанақ пен бұрыш өсімдіктерін жұқтырғандықтан, тұқым шығаратын компаниялар төзімді қызанақты өсіру үстінде.
Қызанақты өсірушілерге бай генетикалық және геномдық ресурстар қызанақтың геномдық тізбектелу жобалары басталғанға дейін де қол жетімді болды. Томаттың гермплазмасының үлкен коллекциялары бірнеше жерде бұрыннан қалыптасқан. Қызанақтың 75,000-нан астам қосылуы бүкіл әлем бойынша генбанктерде сақталған. Ең үлкендерінің бірі - Женева, Нью-Йорктегі USDA генебанкі.
Томат геномын ретке келтіру 2005 жылы 14 мемлекет арасындағы көп ұлтты күш ретінде басталды және 2012 жылы аяқталды. Бұл әрекеттер жасанды интеллект, машиналық оқыту және көптеген генетикалық және фенотиптік деректерді талдаудың озық алгоритмдерін қолдану арқылы жеделдетті.
Қызанақ пан-геномы
Бойс Томпсон институтының зерттеушілері 2020 жылы қызанақтың толыққанды пан-геномын алу үшін жабайы қызанақ үшін жоғары сапалы анықтамалық геном жасады. Олар геномның жемістердің дәмін, мөлшері мен пісетіндігін, стресске төзімділігі мен ауруларға төзімділігінің негіздерін ашты. Ішінара ДНҚ-ның өте ұзақ бөліктерін оқи алатын тізбектелген технологиялардың арқасында анықтамалық геном қолданыстағы мәліметтер базасына қарағанда анағұрлым толық және дәлірек болады.
ДНҚ-ның қысқа бөліктерін оқитын ескі технологиялар секрециялары мутацияны бір негізді деңгейде анықтайды. Алайда, олар ДНҚ-ның үлкен бөліктерін кірістіру, жою, инверсия немесе қайталану сияқты құрылымдық нұсқаларды табуда шебер емес.
2019 жылы халықаралық зерттеушілер тобы 725 филогенетикалық және географиялық репрезентативті сорттардан геномдар тізбегін пайдаланып қызанақ пан-геномын жасады. Бұл мәліметтер базасында бастапқы сілтеме геномында табылмаған 4,873 ген бар. Қазіргі / жоқ вариация анализдері қызанақты қолға үйрету және жақсарту кезінде гендердің айтарлықтай жоғалуын және гендер мен промоторлардың қарқынды теріс іріктелуін анықтады.
Толық мақаланы www.seedworld.com сайтынан оқыңыз.